長期以來，提及內部控制制度，一般想到的是企業的內部控制，忽略了沒有直接進行生產經營的事業單位。但由于缺乏外部和內部的約束機制，事業單位的管理相對比較寬松，造成會計信息失真，財務收支混亂，單位財產遭受損失的現象時有發生。因此，無論是從提高單位自身管理水平，還是從適應外部新形勢的要求，事業單位都迫切需要建立和健全內部控制制度。
一、事業單位預算資金使用內部控制存在的問題
(一)內部控制意識薄弱
大部分事業單位對預算資金內部控制的重視程度不夠，一些行政事業單位的財務由領導說了算，財務部門只負責日常賬務處理，沒有真正發揮理財作用，資金管理憑領導個人意圖操作，對預算資金內部控制單位領導及財務部門不了解也不重視，認為事業單位的資金主要來源于財政預算安排，有多少錢辦多少事，只要按規定編好預算、取得資金和使用資金便可以了，忽視加強對單位財務會計的內部管理。有的單位負責人簡單地將財政的部門預算控制等同于內部控制，認為有了部門預算就無所謂內部控制體系了。相當一部分單位缺乏內部控制理念，對內部控制在基礎建設方面的作用認識不足，尚未建立起健全有效的內控制度，或者以財經制度甚至是工作經驗來代替；即使有內控制度，現存的內控制度在內容方面也有許多不合理的地方，如生搬硬套其他單位的制度，沒有考慮本單位的實際情況，所以在實際工作中根本無法實施。因此，對建設中出現的漏洞沒有一套可行的制度、程序來堵住漏洞的發生，致使財務管理混亂，極易造成損失，更談不上什么效益。
(二)財務管理制度不健全
主要表現為：(1)財務管理制度不健全。首先是預算資金編制項月不詳細，使用缺乏計劃性。年度預算執行不嚴格，存在著一定的隨意性，不能使有限的資金用在刀刃上，以致資金使用超支，影響事業發展。其次是財產管理不嚴。由于行政事業單位在會計上沒有成本核算要求，因此輕視了實物資產管理，如購買低值易耗用品，直接作支出，不記入庫存材料賬，領用不辦理手續，缺乏財產清查制度，使這部分財產無賬無實。再次是在財產的購置上，有的單位盲目購買，重復購置，造成浪費；有的事業單位之間相互攀比，通過多種渠道，競相購買多余辦公設備、高檔交通工具，造成辦公成本高、利用率低等問題。(2)預算資金的使用缺乏計劃性。有的事業單位對預算的執行不能做到統籌安排，存在一定的盲目性，沒有嚴格按預算合理安排、使用資金，不能使有限的資金發揮應有效率，導致資金使用超預算的現象時有發生。同時，預算資金收支管理不嚴格，任意擴大收支范圍，對項目資金的使用未能做到專戶管理、專款專用，存在一些巧立名目、擠占資金、挪作他用等問題。
(三)會計核算不規范
第一，財務核算處理不規范。事業單位中普遍存在著會計核算不規范，甚至失真現象。如有些單位在處理一些少量預算外收入時，將預算外收入掛在往來賬上，以此來掩蓋收益；有的單位在年終結賬時，不將收入和支出結轉“結余”科目，而是將收入和支出相對轉，使“結余”科目不能正確和完整地反映核算單位的結余狀況；有些單位正常經費與專項撥款不分開進行明細核算，使得單位正常經費和專項撥款來源不清晰，去向不明白，給自己和他人用賬帶來不便；再如有些行政單位虛列專款嚴重，造成單位年終結余賬戶的虛增或虛減。
第二，原始憑證管理不規范。有些單位對原始憑證審核粗糙，如原始憑證規定的內容填寫不全，發票內容籠統，有些發票上蓋的是售貨單位公章，而不是財務章，甚至有的沒有售貨單位章。報賬手續不嚴密，購買實物的憑證只有領導簽批，沒有驗收人簽字，領導簽字過于隨意。有些單位自制原始憑證，格式和內容都不符合會計核算規范。在票據管理方面，有些單位在票據認購、票據領用、票據核銷上存在監督的漏洞，給不法分子造成可乘之機，給國家資產造成不應有的損失。
二、事業單位預算資金使用內部控制機制的建立和完善
(一)強化預算管理和成本控制
第一，預算管理。實行預算管理，可以從源頭上保證會計內部控制的落實。加強會計內部控制必須建立財務細預算制度，結合單位的資金能力。分清業務的不同性質，按輕重緩急統籌安排、合理使用各項資金，保障日常工作和業務工作的順利進行，提高單位的工作效率，推動事業單位整體工作的健康協調發展。加強會計內部控制管理，應實行收支兩條線制度，資金集中支付制度等系列改革。實行由專管員、分管領導、項目專家、職工代表共同組成的項目小組評議審核制度，把好會計內部控制的前置關，第二，成本控制。按照事業單位財務制度及其相關法規規定，事業單位大多數支出項目都有明確的開支范圍和開支標準。然而，不少單位都沒能把支出控制在規定范圍之內，超發津貼、補貼、獎金，超支業務招待費等情況比比皆是。有效的成本控制方法是分解費用指標，一是要按照年初公用經費預算，把各項費用分解落實到單位內部的各個部門，形成一套比較完整的內部費用控制指標體系；二是要嚴格考核，會計上要對各部門費用開支進行單獨核算，準確、及時地反映各個部門的實際開支情況；三是要建立獎懲機制，實行節約有獎。超支自負，獎罰分明。
(二)建立完善有效的預算資金使用內部控制制度
主要從以下方面著手：(1)不相容職務相互分離控制。一是確定哪些崗位和職務是不相容的，二是明確規定各個機構和崗位的職責權限，使不相容崗位和職務之間能夠相互監督、相互制約，形成有效的制衡機制。按照不相容職務相分離的原則，錢賬分離、物賬分離，對出納等崗位的職責進行限制性規定。同時合理設置會計及相關工作崗位，形成相互制衡機制。內部牽制的工作基點就是以任何個人或部門都不能單獨控制任何一項或一部分業務權力的方式進行組織上的責任分工，要求每項業務通過正常發揮其他個人或部門的功能來進行交叉檢查或交叉控制，以便使各項業務能完整正確地經過規定的處理程序。
(2)授權批準控制。事業單位在建立及完善內部會計控制時必須實施授權批準控制。這就要求事業單位內部明確規定涉及會計及相關工作的授權批準范圍、權限、程序、責任等內容，各管理層必須在自己的授權范圍內行使權力，避免越權審批和相互推諉，使職責分明、權力對等、有職有責、有責有利。為此，事業單位必須建立授權批準體系，其中包括授權批準的范圍、授權批準的層次、授權批準的責任、授權批準的程序。其次，要引入先進管理手段，完善授權批準制度，加強事業單位內部監督。
(3)會計系統控制。會計系統建立的目的就是對單位經營活動進行記錄、計算、反映和控制，屬于內部控制的組成部分。會計制度中規定的各種會計方法和程序，本身有著控制的功能，這些控制功能的發揮能有效地保證會計信息具有真實、及時和全面的良好質量。目前，大部分單位都實現了會計電算化，在會計系統的處理方面較手工記賬時期有了很大區別，因此要根據電算化的特點，建立新的內部控制條例，根據其原則完善新的會計系統。如通過電子數據處理系統錄入會計數據時，必須保證只有在識別特殊密碼狀態下才能進入該系統；修改會計記錄必須履行必要的手續，得到適當的授權，并詳細記錄在案。
(4)加強專項資金管理，提高資金使用績效。在專項資金方面要建立項，目庫，強化項目申報和立項的審核工作，各級財政部門要將經過嚴格程序審核好的項目納入項目庫管理，做到項目基礎資料真實完整，每個項目都切實可行。在項目庫的基礎上合理確定每個單位或部門項目支出的內容和標準，編制項目支出明細表，按具體項目填列支出總額及各種資金來源，如有跨年度工程還要列示年初年末額，使專項資金的預算能夠反映資金的最終用途，從而改變原有的那種“切塊預算”做法，增強預算的透明度。實施績效評價制度，對專項資金進行全程評價，分析研究項目進展情況，及時發現和處理工作中存在的問題，有利于科學合理編制項目預算。
(三)促成事業單位良好內控環境，進一步發揮預算資金使用效率
(1)良好事業單位內控環境的促成。發揮財政與審計部門作用，完善單位內部控制體系。各級財政部門應當成立相應的組織機構，加強對行政事業單位內部控制制度建設的組織與指導，并撥出專項經費，為內部控制制度建設促成一個良好的外部環境的形成。(2)進一步促進資金使用效率；為事業單位預算資金的使用內部控制創造一個良好的內外環境，用以降低“串通舞弊”、“人為錯誤”、“職能越權”、“制度滯后”等內部會計控制本身的局限性，提高事業單位預算資金的使用效率。良好的控制環境一般包括以下內容：單位負責人對內部會計控制的支持和重視，組織機構健全，職責權限分工明確，職責權限設置合理。控制環境良好能保證資金使用內部控制有效實施，保證預算資金高效使用；發揮事業單位職能，在最大限度發揮資金使用效率的同時，發揮其他延伸職能。
