稅務部門在進行納稅檢查、核對賬簿憑證時，一般會更多地關注記賬憑證的詳細記載及“應交稅金”明細賬、存貨明細賬等情況，而把資金往來賬戶僅僅作為核對稅收問題的輔助資料。資金往來賬戶包括“應收賬款”、“應付賬款”、“預收賬款”、“預付賬款”、“其他應收款” 、“其他應付款”等科目，這些科目的明細賬戶記錄著企業銷貨款、購貨款及其他資金的增減變動情況，整體反映了企業資金的來龍去脈。通過資金往來賬戶檢查企業的納稅情況，效果將更直觀、更全面、更快捷。在檢查資金往來賬戶中能發現以下幾類問題：
一、隱匿收入問題
隱匿收入分為永久性隱匿收入及延緩性隱匿收入。隱匿收入在賬務處理上的主要手段有以下幾種：
（一）利用“應收賬款”、“預收賬款”隱匿銷售收入。預收賬款屬于企業尚未實現的銷售收入，與稅收無關，而如果是已實現的銷售收到的款項，就應申報納稅。納稅檢查主要難點在于通過各種分析判斷來區別這兩種情況。
（二）利用“應付賬款”或“預付賬款”隱匿銷售收入。“應付賬款”本應與銷售收入無關，但一些肆意偷稅者也會利用“應付賬款”賬戶進行造假。
（三）利用“其他應付款”隱匿收入。
三、虛開增值稅專用發票問題
對外銷售開具增值稅專用發票賬上體現為“應收賬款”的增加，購入貨物取得增值稅專用發票體現為“應付賬款”的增加，“應收賬款”或“應付賬款”的期末余額體現應收或應付的情況。
四、不能取得發票的購貨款長期掛“預付賬款”，偷逃稅款
企業在對外支付貨款采購生產物資或固定資產時，由于對方不能提供發票或企業為降低購貨成本主動不要發票，對該筆款項一直掛賬，在稅收檢查時，以“未發貨”或“屬壞賬”的理由進行解釋，甚至在一定的時候以壞賬損失進行核銷賬務。這是一種沒按規定取得發票幫助銷貨方逃稅的行為。
五、“其他應收款”存在的稅收問題
“其他應收款”在企業賬上往往不會引起注意，因為它不是外部資金流入企業，似乎與稅收無關，但詳細分析各種其他應收款的成因，能發現許多稅收問題。
(一)應收代交個人所得稅。
(二)工程暫借款。
(三)代墊銷貨方款項。
(四)個人借款。個人借款是指個人的非經營用途的借款，不含出差借款及其他與經營有關的借款，一般以期末的掛賬額來判斷影響稅收的四種情況：1.挪用企業貸款資金，虛列借款費用。2.挪用外資企業的注冊資金，形成虛假出資，騙取稅收優惠。3.股東真分紅假掛賬。4.資金體外循環，賬外經營
