一是規章制度待完善。系統運行后，人民銀行會計業務管理工作發生很大變化，原有的一些規章制度已經不再適用，導致會計人員辦理業務缺乏統一的規章制度，影響了會計業務的規范化管理。
二是崗位職責待規范。系統及操作規程未規定操作人員崗位職責，各地自行制定的崗位職責不盡統一，不利于上級行實行統一管理。
三是自身損益難掌握。由地市中心支行和轄屬縣支行共同使用系統設置的統一費用賬戶，網點卻不能即時查詢本網點費用賬戶余額信息，難以及時發現錄入錯誤。同時，由于利息支出統一由核算中心記賬，縣支行生成打印的損益表中沒有反映，難以全面、準確掌握自身的損益狀況。
四是往賬風險難防范。網點發生的聯行業務生成聯行往賬信息后，上傳核算中心聯行柜，由聯行柜添加相關信息后生成和發出聯行業務。由于網點持有業務的原始憑證，聯行柜無法對接收的網點信息進行核對，資金風險難以在日常核算過程中進行有效控制。五是記賬憑證難適用。系統的記賬方式改為“一記雙訖”，所有相關業務（表外及特殊業務除外）實行借貸雙方同時等額記賬，生成一個流水號，且系統要求需錄入的憑證要素變化較大。因此，目前沿用的許多單式記賬憑證的格式、要素等不能滿足業務的實際需要。
